自主管理的保稅區儲物流企業，必須通過海關的嚴格審核才能營運。

關下放部分操作程序，由第三方物流企業自主管理，海關可以隨時查看保稅區的庫存情況，對保稅區實行。

第三方保稅物流管理信息系統能夠滿足海關對保稅物品進、出、存、退、換和完稅的管理需求，滿足不同貨主對其保稅備件倉儲、保管、包裝、配送、退貨和回收的相異的物流管理要求；能夠適應多組織架構物流公司的管理和多倉庫統一管理的要求；能夠滿足多貨主的不同備件保稅或完稅物流管理的需求；能夠滿足貨主業務發展的需要，進行不同區域的快速配送服務；能夠快速調整和適應因貨主備件物流管理過程的變化要求；能夠對協作的承運商進行管理，包括費用的按期結算；能夠設定各種物流費用（包括各種關稅和海關代收），系統按業務量自動結算物流費用和各種稅收，也可手工調整和補錄費用；貨主隨時可以查詢訂單執行情況、庫存和物流費用結算情況等；海關隨時掌控保稅區保稅備件的進、出、存、退、換和完稅情況；系統支持倉庫使用RF和條碼設備，對倉庫的庫位、備件實現條碼管理，在倉庫中使用RF進行在線作業，提率、降低出錯率、降低物流成本；有數據接口，將不同貨主的訂單自動導入物流系統；對備件的價格、批號、序列號等管理；對備件可實現全程跟蹤查詢；按貨主要求的報表格式產生貨主索要的各類報表；未來能順利拓展相關功能，實現報關管理、貨代管理和運輸管理等，并且是一體化的初始數據在各模塊享；提供各類分析報表，給管理提供數據的依據，不斷改進管理，提高服務質量，提高客戶滿意度。

保稅區儲受到海關的直接，雖然說貨物也是由存貨人委托保管，但保管人要對海關負責，入庫或者出庫單據均需要由海關簽署。保稅區儲一般在進出境口岸附近進行。
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